与第一代高达一样以字宙世纪 0079 年作为故事的舞台，是一年战争的追加故事。期间，监督神田武幸不幸身故，神田监督遗留下来的情节由饭田马之介接手，将全 11 话完成。
连邦军少尉シロー，由殖民星 Side2 前往地球的途中，为救友军受了伤的 GM 而乘坐铁球出击，与自护军的试作型渣古交战，最后两机一起同归于尽。
シロー和那渣古的驾驶员アイナ因此而在宇宙中漂流。为了生存下去他们放下了敌我的观念而合作，在被救出后不久，他们两人又因对方是敌人而分开。
到达地球的シロー为了得到同伴的信任而一面奋力战斗，一面带领着 08 MS 小队，可是在不久后，他们遇上了由アイナ驾驶的自护军最新型兵器アプサラス。
本动画由普通士兵的角度去描写「一年战争」，是高达作品中一套与众不同的作品。